《闪电十一人GO》是《闪电十一人》系列的正统续作，故事发生在圆堂守率队夺得FFI世界冠军的十年后。主角松风天马因崇拜传说中的闪电十一人而进入雷门中学，加入足球部。但此时的日本足球已被神秘组织“第五部门”掌控，他们以“强化委员”之名强行改变各校足球部的训练与比赛方式，不服从者一律解散。雷门足球部也遭到打压，天马与神童拓人、雾野兰丸、西园信助等伙伴组成新队伍，在经理人空野葵和教练久远冬花的带领下，向第五部门发起挑战。本作引入“化身”系统，球员可召唤内心具象化的强大存在来提升实力，天马的化身“魔神佩加萨斯”成为关键力量。剧情围绕“神圣之路”大赛展开，队伍历经与帝国学园、万能坂中、海鸥学园等强敌的激战，逐步揭露第五部门背后的阴谋，并最终与圆堂守等前作角色产生深刻羁绊。作品延续热血足球与友情成长的主题，同时探讨体制压迫与自由意志的冲突。