《我们无法一起学习第二季》延续第一季的剧情，唯我成幸为了获得“特别VIP推荐”资格，继续担任古桥文乃和绪方理珠的教育指导员。文乃擅长文科却苦于理科，理珠精通理科却对文科束手无策，成幸必须帮助她们克服各自短板，应对大学入学考试。本季中，游泳部的武元润香也加入辅导阵容，她因英语成绩不佳而向成幸求助。与此同时，成幸与教师桐须真冬之间也产生了更多交集，师生关系面临微妙考验。随着备考压力增大，角色们各自的目标与情感逐渐清晰，恋爱线索与学业挑战并行推进。动画保持轻松喜剧风格，通过日常学习与社团活动展现角色成长，既有欢笑也有温情，描绘出一群高中生为未来努力奋斗的青春群像。