《机动战士高达NT》是宇宙世纪U.C.0097年的正统续作，紧接《机动战士高达UC》之后。在“拉普拉斯事变”终结后，两架独角兽高达被联邦政府秘密封印，新吉翁残党“袖章”组织也宣告瓦解，人类似乎终于迎来和平的曙光。然而，失踪两年的独角兽三号机“凤凰”突然在地球圈现身，其搭载的“精神感应框架”拥有足以颠覆世界的力量，立刻引来各方势力的激烈争夺。故事围绕少年约拿·巴修塔展开，他作为联邦军试飞员，与神秘少女米谢儿·卢欧以及自称“伪夏亚”的佐尔坦·谢赫共同卷入这场纷争。佐尔坦率领袖章残党誓要夺取“凤凰”，而约拿则因过去的创伤与米谢儿的秘密，被迫直面内心与命运的冲突。影片以高速战斗与深刻人性描写为核心，探讨战争、灵魂与可能性的主题，是高达宇宙世纪系列中承前启后的重要篇章。