小智与皮卡丘一行在旅途中前行，某日宝可梦波尔凯尼恩从天而降，被迫与小智锁在了一起。波尔凯尼恩与被人类伤害过的宝可梦们共同生活，因此非常讨厌人类，但这条神奇的锁链却让他们无法分开。两人来到阿佐特王国，那里藏着拥有灵魂的机巧宝可梦玛机雅娜。邪恶势力企图夺取玛机雅娜体内的“魂心”来驱动空中要塞，王国陷入危机。在共同战斗中，小智用真诚逐渐化解波尔凯尼恩对人类的敌意，两人从被迫捆绑走向真正并肩。最终他们联手守护玛机雅娜，挫败阴谋，也见证了跨越隔阂的珍贵羁绊。